Institución autónoma con personería jurídica y presupuestaria independiente, adscrita al Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales mediante la Ley General Ambiental 64-00. Se orienta al estudio y conservación de la biodiversidad de la Hispaniola y la región del Caribe, así como a la educación y divulgación ambiental. El museo abarca las áreas de geología, zoología, ecología, biología marina, limnología y espeleología. Fue construido en el año 1974 y abrió sus puertas en 1982. En el año 2012, mediante el Decreto del Poder Ejecutivo No. 442, la institución pasó a llamarse Museo Nacional de Historia Natural Prof. Eugenio de Jesús Marcano. La designación tomó en consideración los grandes aportes de este insigne naturalista al conocimiento de la flora y fauna de la isla y toda una vida de defensa de nuestros ecosistemas y paisajes naturales. El Prof. Marcano fue director del museo, iniciador de las colecciones de referencia y un gran propulsor de la investigación científica en el país. El museo está ubicado en la Plaza de la Cultura Juan Pablo Duarte, en Santo Domingo.
